一、來源不同

　　抗生素(antibiotics)是由微生物(包括細菌、真菌、放線菌屬)在生活過程中所產生的具有抗病原體或其它活性的一類次級代謝產物。如青霉素來源青霉菌產生的次級代謝產物，硫酸粘桿菌素來源于粘細菌產生的次級代謝產物。而抗菌肽(antimicrobial peptide)又稱宿主防御肽，指生物體內經誘導而產生的一類具與先天免疫相關的有抗菌活性小分子多肽物質，最早是在昆蟲中發現，隨后在各種生物體都有發現，包括細菌、植物、動物甚至人體中都有。而一些微生物產生的抗菌肽都是初級代謝產物，是生物體直接產生的。

　　二、產生方式不同

　　抗菌肽是通過基因編碼合成，由DNA到RNA到蛋白(多肽)，故所有的抗菌肽中的氨基酸為20種常見氨基酸。即信使RNA分子中每相鄰的三個核苷酸編成一組，在蛋白質合成時所代表一種氨基酸。如AAA為賴氨酸，AUG為蛋氨酸等。而抗生素大部分為酶促反應生成。涉及到許多合成酶、水解酶、轉移酶等的作用，將一些化學基團組合，生成復雜的結構。即使一些肽類抗生素，也經過了大量酶促反應的作用，故許多肽類抗生素很難有明確的氨基酸序列，因為存在大量的氨基酸衍生物或者稀有氨基酸。如桿菌肽由9-12個氨基酸及其衍生物組成，同時存在噻唑環的修飾，很難確定其氨基酸序列。如硫酸粘桿菌素由10個氨基酸組成，其中6個氨基酸為二氨基丁酸這種稀有氨基酸，也就是非編碼氨基酸，還存在一個甲基辛酰這種非氨基酸結構，故也很難確定其氨基酸序列。這些結構大部分是通過酶促反應生成。

　　三、對機體的免疫作用不同

　　抗菌肽為宿主防御肽，在宿主先天免疫中有重要的調節作用，能提高機體的非特異免疫，如天蠶素抗菌肽能通過提高CD4+和CD8+的比值，從而提高機體的非特異免疫。而許多抗生素不能提高免疫，還對免疫有抑制作用或者損傷作用，如氯霉素對骨髓造血功能有很強的破壞作用，從而降低免疫細胞的生成。因為抗菌肽是機體先天免疫產生的對抗外源病原物，除了對細菌有抑制殺滅作用，對真菌、病毒、原蟲都有一定的抑制作用，不同的抗菌肽抗菌譜不同。而抗生素的主要殺滅細菌為主的微生物，對病毒是沒有作用的。

　　四、作用機理不同

　　大部分抗生素有特定的作用位點，如喹諾酮類抗生素抑制DNA回旋酶，四環素類抗生素抑制核糖體30S亞基，青霉素與細胞壁的D-丙氨酰-D-丙氨酸競爭結合，抑制細胞壁的合成。而抗菌肽的主要作用在細菌的細胞膜上，通過改變細胞膜的通透性而殺滅細菌，不易產生耐藥性。

　　從以上四點可以看出，抗生素和抗菌肽有著本質的區別，更不能把抗菌肽和肽類抗生素混為一談，作為抗生素的替代品，抗菌肽的開發和應用是目前全球抗菌劑、佐劑和免疫增強劑研究的熱點，吸引著一大批生物公司持續研究，隨著技術的進步，“抗菌肽造福全人類”這句話將逐漸成為現實。

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