消毒是確保豬場安全生產的一個非常重要的措施，豬場的許多病原微生物可以通過消毒工作來達到殺滅和抑制其傳播的效果，消毒要全面細致：
消毒藥濃度要適宜。如果消毒藥的濃度過大，一方面造成消毒藥的浪費，增加飼養成本；另一方面很容易導致豬的皮膚、黏膜、呼吸道的損傷，同時也有可能造成人員的傷害。濃度過小，達不到消毒效果。
消毒要到位、徹底。豬場工作人員在消毒過程中，消毒速度要適中、噴灑均勻、采取噴霧的方式。
消毒要同步。無論是環境消毒還是帶豬消毒，應盡可能在大致固定的時間范圍內進行。在對豬場的消毒過程中，各豬舍應在較小的時間間隔內進行，才能很好的起到消毒的作用。否則，病原菌就有可能擴散或傳播，消毒效果不能最大化，給豬場的安全生產構成威脅。
對人流、物流、車流的消毒要到位。規模化養豬場，大都采用封閉式的管理制度，但是現實決定又不可能完全徹底的封閉，必須要與人流、物流、車流不同程度的接觸，如何對流、物流、車流進行徹底的消毒是任何一個養豬場都面對的現實問題。如果這項工作做不到位，是養豬場最大的安全隱患。
合理利用消毒池、消毒室。養豬場要設置車輛消毒池和人員進出消毒室，消毒池、消毒室消毒藥的濃度要足夠，定期更換消毒液，人員要走消毒室。
