石灰。消毒力強、價廉易得，是消毒性好、無不良氣味、無污染的消毒藥物。
將生石灰直接撒在圈舍地面是不正確的，因撒石灰時會導致鴨鵝舍內石灰粉塵大量飛揚，使鴨鵝吸入呼吸道內，人為地造成一次呼吸道炎癥，也經常造成鴨鵝爪部灼傷，或因啄食石灰而灼傷口腔及消化道。正確使用石灰消毒的方法是將新鮮的熟石灰加水配制成10-20%的石灰乳，也就是將生石灰與水按1：7混合反應后濾除殘渣即得，涂刷鴨鵝舍墻壁和地面1-2 次。也可用于糞便和尸體消毒。對大多數病原微生物具有較強的殺滅作用。
甲醛。對絕大多數的病原微生物（包括芽孢和真菌）都有強大的殺滅作用，而且價格低，沒有腐蝕性。常用作熏蒸消毒和噴霧消毒。它的消毒作用與環境溫濕度關系很大，溫度越高消毒效果越好。在熏蒸消毒時，還應使環境相對濕度達到80-90%，才能使其充分發揮消毒作用。熏蒸消毒時可將福爾馬林加3-5倍的水，放入鐵鍋中加熱煮沸（不可加高錳酸鉀）。用高錳酸鉀作氧化劑熏蒸時，可在甲醛溶液中加入2倍量的水，注意不要直接將高錳酸鉀投入甲醛溶液中，以免濺出傷人。
正確的熏蒸方法是：選用陶瓷或搪瓷容器，將高錳酸鉀溶于30-40℃的溫水中，然后再緩慢加入加水的甲醛溶液，注意容器的容積應大于高錳酸鉀溶液和甲醛溶液總容積的3-4倍。使用甲醛對鴨鵝舍進行熏蒸消毒時，動作要快，以免產生的煙霧傷害到人的黏膜。
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