如何將藥物更合理地投入到飲水系統中，也是養殖企業需要思考的問題。一些豬場用水直接來源于自來水管道，無法投入藥物。其他一些豬場雖自建了儲水裝置，但建造一套儲水裝置是遠遠不夠的。例如，通常情況下斷奶仔豬和母豬共用一套飲水系統，導致無法對仔豬和母豬進行針對性給藥治療。理想情況下，每一階段豬群都應擁有一套獨立的儲水系統。此外，儲水系統給藥還面臨如何確定給藥劑量的問題，如果儲水池水量超過豬群日飲水量，豬只攝入的藥物劑量可能低于日需給藥劑量，反之儲水池過小，需反復加水，最先飲水的豬只會攝入更高劑量的藥物。可以通過建造備用飲水系統解決這一問題，其獨立于主飲水系統，但這樣會增加額外投入。通過備用飲水系統可針對某一豬群單獨飲水給藥，減少主飲水系統給藥造成的浪費，降低投入成本。
飲水給藥的最有效方式是使用比例加藥器，例如法國Dosatron加藥器。比例加藥器與主飲水系統相連，水壓驅動即可工作，無需供電。通過設置加藥器給藥濃度，準確地為豬群飲水給藥，例如設置給藥濃度為1%，每100 mL水通過加藥器，即從儲藥罐中吸出1 mL藥液。此外，應用加藥器給藥前應明確豬只日給藥劑量和飲水量，為了保證給藥劑量更準確，可參考豬只體重，計算給藥量。
飼用抗生素的應用日益減少
英國一些規模化豬生產企業逐漸減少飼用抗生素的使用，Tulip公司農業主管Andrew Saunders在最近的一次會議上說：“公司農場已經停止使用任何飼用抗生素”。JSR農業集團多數農場已不再使用飼用抗生素，JSR生產經理Nigel Pritchard說：“我們主要采用個體注射給藥方式，并且基于良好的飼養管理，豬群健康狀況一直保持良好，已很久沒有進行大規模藥物治療了。現在更多采取預防性管理措施，制定科學的疫苗接種計劃”。此外，NPA的高級政策顧問Georgina Crayford說：“在抗生素使用與管理方面提議對歐盟法律做出修改，制定更具針對性的抗生素管理制度是至關重要的，如僅允許抗生素用于防治高感染風險的動物疾病”。相比之下，飲水給藥是更有針對性的方法，然而對于許多豬生產企業，建造適用于飲水給藥的新型飲水系統需投入大量資金。也許，預防疾病才是重中之重，通過改進生物安全、衛生規劃，預防相關疾病發生，來避免藥物治療。
