出生后第一天與環境微生物的逐漸接觸幫助細菌在胃腸道定植以及建立胃腸道微生物菌群的平衡。這允許黏膜相關淋巴組織(MALT)的形成，其可誘導針對有害微生物的主動免疫應答，同時可與無害病原體如共生菌共存。

　　在生產的初始階段，生產性能良好，此時環境條件對胃腸道屏障尚未構成巨大挑戰，故較多的能量致力于豬的生長。在飼料中添加抗生素可低成本的達到這種效果，同時可防止病原體傳播到食物鏈。抗生素對胃腸道菌群的作用取決于其類別，劑量，給藥途徑，及其藥代動力學和藥效動力學特性。因此使用不同的抗生素抑制不同的細菌可對仔豬的生長起到促進作用。

　　從圖1和2可見不同種類的抗生素如何提高健康斷奶仔豬的采食量，但它們對腸道微生物群有不同的作用(C為對照，A為阿莫西林，D為強力霉素，T為替米考星)。通過分子生物學技術可知不論使用何種抗菌劑，使用這些抗生素可降低細菌的多樣性。

　　目前，歐洲的目標是生產更安全的動物產品，包括大大降低食品可能含有腸道病原體和抗生素的危險。同時，為了降低抗生素耐藥性向人用藥的擴散，降低了抗生素作為治療用藥的使用，這就激發了研究一種可行的替代方案-在豬飼料中添加抗生素。

　　飼喂方法，飼料原料的選擇和添加劑的使用對胃腸道微生物群有潛在的調節作用，可減少為了維持和控制致病菌的能量消耗。接下來我們會總結一些使用的方法來幫助實現這個目標：

　　1- 基礎日糧配方。日糧中多糖的質量影響微生物群的多樣性，但其必需與蛋白質的攝入同步，才能保證最低限度的消除蛋白質降解的代謝產物。某些營養物過量(糖，鐵等)會過度刺激致病菌，最好的解決辦法是提供高度可消化的碳水化合物和一些(但好)蛋白質來源。

　　2- 對胃腸道微生物群的直接作用。有機酸高度穩定，且經常為混合酸。另一方面精油需要高劑量且在消化道內被快速吸收，血漿是一種值得關注但昂貴的選擇。

　　3-增強腸道屏障功能。母體環境是形成新生仔豬胃腸道微生物群的主要因素。通過日糧(包括補充益生菌)調節母豬的胃腸道微生物群可改變仔豬的微生物群，從而影響仔豬的早期存活，斷奶前后的生產性能。然而此法未被大多數豬場采用。

　　斷奶過程中，在飼料中添加微生物可幫助保持或者恢復有益共生菌的平衡，斷奶應激可造成暫時厭食癥。故需要添加針對豬的益生菌，如淀粉乳桿菌。

　　因益生菌的一些特性(產生抗菌分子，刺激免疫應答，粘附位點競爭等)，已對一部分益生菌的中和腸道病原菌的作用進行了研究。總體而言，數據顯示經口給藥是最好的給藥方式，或傷害最小的方式。然而，有一些案例，給豬飼喂益生菌用以抵抗某種疾病，反而對豬的健康起到負面影響。這些結果的不同可能是由于研究模型的不同，或者開始時微生物環境的不同。

 

　　對共生菌的特定免疫應答和“野”菌也與益生菌(經口給藥)之間的互動的可靠數據很少。故益生菌不總是有效的。公差標準對健康動物是有用的，但其對暴露于病原體下的動物有一定的危險。在仔豬料中添加其它的益生菌如酵母和其相關產品似乎很有前景。

　　4- 使用氨基酸。補充色氨酸和蘇氨酸可彌補因炎癥及粘液和免疫球蛋白產生需要的能量增加，特別是對豬更是如此，因豬對大腸桿菌更易感。目前有新的分子測試方法可以檢測個體易感性，這不僅可以在豬選擇上，還可以在改善飼喂方法上幫助我們。

 

　　5- 氧化鋅。按照藥物劑量使用可大大的改變微生物群，同時提高生長，但對環境的可持續發展不利。